Les tibétains venus du haut plateau du Nord-Est s’installèrent dans la vallée de l’Indus vers 500/600 avant J.-C. A cette époque, ils pratiquent la religion Bon. Avec le VIIe siècle, le grand lama Songsten Gampo apporte le bouddhisme dans cette région du Ladakh. Cette influence va s’étendre au Sud, à travers le Zanskar, vers les vallées du Cachemire actuel.
L’isolement caractéristique du Zanskar va permettre aux idées bouddhiques d’y perdurer jusqu’à nos jours, alors que le Cachemire redevient musulman. Après une période d’indépendance relative et de guerres fratricides, le Zanskar est finalement annexé par le Ladakh au XVIIe siècle. Les rois du Ladakh et du Zanskar sont de la même famille, ce qui assure une période de paix. Enfin, depuis 1842, le Ladakh et le Zanskar font partie de l’état Jammu et Cachemire, le seul état indien qui s’étend de part et d’autre de l’Himalaya. La situation reste inchangée après l’indépendance de l’Inde, en 1947.
Mais si Leh était la capitale du district du Ladakh, Padum choisit le rattachement à celui de Kargil (musulman), afin de favoriser la construction de la seule piste (encore actuellement), qui permet de briser son isolement de mai à novembre.
Depuis le 31 octobre 2019, l'état de Jammu et Cachemire a été divisé en deux territoires de l'union : l'union du territoire du Jammu et Cachemire et l'union du territoire du Ladakh. Le Zanskar reste rattaché au district de Kargil mais celui-ci dépend de l'union du territoire du Ladakh.